Fledermäuse nutzen im Laufe der Nacht und des Jahres unterschiedliche Lebensäume. Sie benötigen Jagdgebiete und diverse Quartiere, die ihnen - je nach Jahreszeit und Witterung - Schutz vor der Umwelt bieten. Im Sommer werden warme und trockene Quartiere bevorzugt. So bilden Weibchen gemeinsam sog. Wochenstuben, um hier ihre Jungen zur Welt zu bringen und groß zu ziehen. Im Winter werden dagegen kühle und feuchte Quartiere aufgesucht, in denen die Fledermäuse die kalten, insektenarmen Monate ungestört überdauern können. Zwischen diesen Teillebensräumen können bei einigen Arten große Entferungen liegen. Nicht für alle Fledermausarten werden in Niedersachsen und Bremen alle Funktionen an ein vollständiges Lebensraumgefüge erfüllt. Nach dem derzeitigen Kenntnisstand (s. Tabelle) gilt für Niedersachsen und Bremen:

• der Artenbestand liegt bei 19 Arten,
• eine Art, die Kleine Hufeisennase, ist seit den 1960er Jahren ausgestorben. Ob die Große Hufeisennase früher (am Südharz) vorkam, läßt sich nicht mehr genau feststellen. Im Holozän kamen weitere Arten im heutigen Niedersachsen vor, so z.B. die Wimperfledermaus.
  
• 17 Arten vermehren sich im Gebiet (seit 2015 nachweislich auch die Mopsfledermaus),
• 18 Arten überwintern hier,
• mindestens 5 Arten passieren den Raum auf ihren großräumigen Wanderungen zwischen den Sommer- und den Winterlebensräumen,
• für 5 Arten ist Niedersachsen Teil der nördlichen Verbreitungsgrenze,
• den beiden Bundesländern kommt eine besondere Verantwortung für den Erhalt der Teichfledermaus zu, da hier ca. 30-40% aller Wochenstubentiere in Deutschland leben.