Fledermäuse reagieren empfindlich auf Lebensraumveränderungen, Störungen in ihren Quartieren und dem Einsatz von Pestiziden in ihrem Lebensraum. In der Vergangenheit konnte beobachtet werden, dass Fledermauspolulationen zusammengebrochen sind und - zum Teil - regional ausgestorben sind. Die Kleine Hufeisennase in Niedersachsen ist hierfür ein gutes Beispiel: sie ist in den 1960er Jahren in Niedersachsen ausgestorben. Die derzeit gültige Rote Liste der gefährdeten Säugetierarten Niedersachsens und Bremens ist hoffnungslos veraltet (Heckenroth 1993) und kann nicht mehr als Maßstab für die Gefährdung der Fledermausarten herangezogen werden.

Die Erkenntnisse über die Empfindlichkeit haben dazu geführt, dass Fledermäuse durch eine Reihe von internationalen und nationalen Regelungen geschützt wurden. So hat die Bundesrepublik Deutschland die Berner Konvention (Übereinkommen über die Erhaltung der wild lebenden Pflanzen und Tiere und ihrer natürlichen Lebensräume) unterschrieben. Auch die Bonner Konvention, das Übereinkommen zur Erhaltung der wandernden wild lebenden Tierarten, wurde unterzeichnet. Nicht zuletzt hat sich Deutschland auch dem Abkommen zur Erhaltung der Fledermäuse in Europa (EUROBATS) angeschlossen.

Das Bundesnaturschutzgesetz setzt die internationalen und europäischen Vorgaben in nationales Gesetz um. Heute stehen alle heimischen Fledermäuse unter strengem rechtlichem Schutz, da sie zu den streng geschützten und besonders geschützten Arten (gemäß §7, Abs. 2 Nr. 13 bzw. 14 des BNatSchG) zählen. Verantwortlich für die Einstufung ist die Nennung aller Fledermausarten im Anhang IV der Richtlinie 92/43/EWG (FFH-Richtlinie).