Fledermäuse reagieren empfindlich auf Lebensraumveränderungen, Störungen in ihren Quartieren und dem Einsatz von Pestiziden in ihrem Lebensraum. In der Vergangenheit konnte beobachtet werden, dass Fledermauspolulationen zusammengebrochen sind und - zum Teil - regional ausgestorben sind. Die Kleine Hufeisennase in Niedersachsen ist hierfür ein gutes Beispiel: sie ist in den 1960er Jahren in Niedersachsen ausgestorben. Die derzeit gültige Rote Liste der gefährdeten Säugetierarten Niedersachsens und Bremens ist hoffnungslos veraltet (Heckenroth 1993) und kann nicht mehr als Maßstab für die Gefährdung der Fledermausarten herangezogen werden.
Die Erkenntnisse über die Empfindlichkeit haben dazu geführt, dass Fledermäuse durch eine Reihe von internationalen und nationalen Regelungen geschützt wurden. So hat die Bundesrepublik Deutschland die Berner Konvention (Übereinkommen über die Erhaltung der wild lebenden Pflanzen und Tiere und ihrer natürlichen Lebensräume) unterschrieben. Auch die Bonner Konvention, das Übereinkommen zur Erhaltung der wandernden wild lebenden Tierarten, wurde unterzeichnet. Nicht zuletzt hat sich Deutschland auch dem Abkommen zur Erhaltung der Fledermäuse in Europa (EUROBATS) angeschlossen.
Das Bundesnaturschutzgesetz setzt die internationalen und europäischen Vorgaben in nationales Gesetz um. Heute stehen alle heimischen Fledermäuse unter strengem rechtlichem Schutz, da sie zu den streng geschützten und besonders geschützten Arten (gemäß §7, Abs. 2 Nr. 13 bzw. 14 des BNatSchG) zählen. Verantwortlich für die Einstufung ist die Nennung aller Fledermausarten im Anhang IV der Richtlinie 92/43/EWG (FFH-Richtlinie).
| Artname | Rote Liste Europa | Rote Liste Deutschland | Rote Liste Niedersachsens | Verantwortung | Erhaltungszustand (mit Trend)* | |
| atlantische Region | kontinentale Region | |||||
| Quelle | ERL des IUCN | (Meinig et al. 2020) | (Kirberg 2025) | (Meinig et al. 2020) | nationaler Bericht (2025) | nationaler Bericht (2025) |
| Abendsegler | least concern (Nicht gefährdet) | V (Vorwarnliste) | 2 (Stark gefährdet) | Daten ungenügend, evtl. erhöhte Verantwortlichkeit zu vermuten | U1 sich verschlechternd | U1 sich verschlechternd |
| Bechsteinfledermaus | vulnerable (Gefährdet) | 2 (Stark gefährdet) | 3 (Gefährdet) | In hohem Maße verantwortlich | U1 stabil | U1 sich verschlechternd |
| Braunes Langohr | least concern (Nicht gefährdet) | 3 (Gefährdet) | * (Ungefährdet) | - | FV stabil | FV stabil |
| Breitflügelfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | 3 (Gefährdet) | 3 (Gefährdet) | - | U1 sich verschlechternd | U1 sich verschlechternd |
| Fransenfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | * (Ungefährdet) | In hohem Maße verantwortlich | FV sich verbessernd | FV stabil |
| Graues Langohr | near threatend (Vorwarnliste) | 1 (Vom Aussterben bedroht) | 1 (Vom Aussterben bedroht) | In hohem Maße verantwortlich | U1 sich verschlechternd | U2 sich verschlechternd |
| Große Bartfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | 3 (Gefährdet) | - | U1 stabil | U1 stabil |
| Kleinabendsegler | least concern (Nicht gefährdet) | D (Daten unzureichend) | 3 (Gefährdet) | - | U1 sich verschlechternd | U1 sich verschlechternd |
| Kleine Bartfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | 3 (Gefährdet) | - | XX stabil | U1 sich verschlechternd |
| Kleine Hufeisennase | least concern | 2 (Stark gefährdet) | 0 (Ausgestorben) | - | - | U1 sich verbessernd |
| Mausohr | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | V (Vorwarnliste) | In hohem Maße verantwortlich | FV stabil | FV stabil |
| Mopsfledermaus | near threatend (Vorwarnliste) | 2 (Stark gefährdet) | 2 (Stark gefährdet) | In hohem Maße verantwortlich | U1 stabil | U1 stabil |
| Mückenfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | * (Ungefährdet) | - | FV sich verbessernd | FV sich verbessernd |
| Nordfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | G (Gefährdung unbekannten Ausmaßes) | 1 (Vom Aussterben bedroht) | - | XX unbekannt | U1 sich verschlechternd |
| Nymphenfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | 1 (Vom Aussterben bedroht) | R (extrem selten) | - | XX unbekannt | XX unbekannt |
| Rauhautfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | 2 (Stark gefährdet) | - | U1 sich verschlechternd | U1 sich verschlechternd |
| Teichfledermaus | vulnerable (Gefährdet) | G (Gefährdung unbekannten Ausmaßes) | 2 (Stark gefährdet) | - | U1 sich verschlechternd | U1 sich verschlechternd |
| Wasserfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | * (Ungefährdet) | - | FV stabil | FV stabil |
| Zweifarbfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | D (Daten unzureichend) | D (Daten unzureichend) | - | XX unbekannt | U1 sich verschlechternd |
| Zwergfledermaus | least concern (Nicht gefährdet) | * (Ungefährdet) | * (Ungefährdet) | - | FV stabil | FV stabil |
* Legende zum Erhaltungszustand: FV = günstig (favourable); U1 = ungünstig-unzureichend (unfavourable-inadequate); U2 = ungünstig-schlecht (unfavourable-bad); XX = unbekannt (unknown)